從應用方面，簡單的可以分為兩大類，就是工業用內窺鏡和醫用內窺鏡。

關于工業內窺鏡的種類，從成像形式分為：光學內窺鏡、光纖內窺鏡、電子內窺鏡、CCD視頻內窺鏡、CMOS視頻內窺鏡、電動360°內窺鏡。從內窺鏡光源種類分為高頻熒光燈內窺鏡、光纖鹵素燈內窺鏡、LED內窺鏡。

關于醫用內窺鏡分類，按其發展。

醫療檢查用內窺鏡有許多不同的種類，其分類方法各有不同，一般來講比較通用的有下列三種分類法。在市場銷售方面，目前使用最多的類別以臨床上能否改變方向分為硬質鏡和彈性軟鏡兩種。

按內窺鏡的功能

分為單功能鏡及多功能鏡。單功能鏡是指沒有工作通道，僅有光學系統的觀察鏡;多功能鏡指除具有觀察鏡的功能為，在同一鏡身，還具有至少一個以上的工作通道，具有照明、手術、沖洗及吸引等多種功能。

按內窺鏡所到達的部位

按內窺鏡所到達的部位不同進行分類：分為耳鼻喉內窺鏡、口腔內窺鏡、牙科內窺鏡、神經鏡、尿道膀胱鏡、電切鏡、腹腔鏡、關節鏡、鼻竇鏡、喉鏡等。